Για την οργάνωση και την εν γένει λειτουργία του Διατμηματικού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) αρμόδια όργανα είναι τα ακόλουθα:

α) η Σύγκλητος του Π.Α.Δ.Α.,
β) η Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών (Ε.Π.Σ.),
γ) η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.),
δ) ο Διευθυντής του Δ.Π.Μ.Σ. και
ε) η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών.

Περισσότερες λεπτομέρειες για τα εν λόγω όργανα παρέχονται στον Κανονισμό Λειτουργίας του Δ.Π.Μ.Σ.